Вместе с почвой, фекальными загрязнениями и трупами животных в водоемы часто попадают патогенные микроорганизмы. Здесь некоторые из них могут сохраняться длительное время и при благоприятных условиях интенсивно размножаются.

Среди водного населения имеются организмы, вызывающие инфекционные заболевания у рыб.

Существует ряд болезней рыб, возбуждаемых различными представителями бактериальных форм: фурункулез лососевых – Bacterium salmonicida, туберкулез рыб – Mycobacterium piscium. К патогенным для рыб микроорганизмам относятся и некоторые представители гнилостной микрофлоры, которые являются обычными обитателями воды и почвы.

Большую роль в патологии рыб играют вирусы.

Употребление в пищу рыбы, содержащей токсигенные микроорганизмы, может быть причиной очень сильных отравленй или заболеваний человека – пищевых токсикоинфекций. Ведущее место среди них занимают возбудители пищевых токсикоинфекций сальмонеллезной природы.