В основе диатеза лежат отклонения в обмене веществ и наследственно обусловленные изменения в некоторых ферментных системах. Вследствие усиления минералокортикоидной функции и относительно низкой глюкокортикоидной функции надпочечников у детей имеется повышенная задержка натрия, хлора, калия и воды в организме. Детям свойственна склонность к ацидозу из-за накопления мочевой кислоты и недоокисленных продуктов обмена веществ. Имеются изменения обмена белков (диспротеинемия с уменьшением уровня альбуминов и увеличением глобулинов, повышением содержания остаточного азота), жиров (гиперлипидемия, гиперхолестеринемия), углеводов (гипергликемия, снижение гликогенобразующей функции печени), витаминов (гиповитаминоз А, С, группы В), иммунологической реактивности (сдвиги в системе гуморального и клеточного иммунитета). Повышена проницаемость соединительнотканных структур, нарушен обмен коллагена.

Имеется предрасположенность к аллергии, которая обусловлена увеличенной продукцией IgE. Одновременно у детей происходит накопление в тканях и жидкостях организма биологически активных веществ (гистамин, серотонин и др.), которые высвобождаются из тучных клеток соединительной ткани, базофилов, тромбоцитов.

Существенное значение придается повышенной проницаемости слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта, сниженной активности пищеварительных ферментов, из-за чего не происходит полного расщепления белков, сниженному синтезу секреторного IgA.

Манифестация диатеза происходит, как правило, при употреблении ребенком или матерью (в период вскармливания грудным молоком) продуктов, содержащих гистамин или способствующих высвобождению (либераторов) гистамина: цитрусовые, рыба, сыры, клубника, земляника, лимоны, бананы, шоколад, колбасы, квашеная капуста, томаты. Развитию атопического диатеза способствует избыточное употребление углеводов.