Помимо указанных выше методов диагностики ВИЧ-инфекции в практике используют полимеразную цепную реакцию (ПЦР) и ДНК-зондовые методы. ПЦР используют для количественной оценки активности репликации вируса по числу вирусных РНК. ДНК-зондовые методы позволяют выявлять ВИЧ в форме провируса. Это особенно необходимо, когда тесты на антитела к ВИЧ и антигены дают отрицательные результаты., в латентный период болезни.