Суточные ритмы являются эндогенными, генетически запрограммированными. Это неоднократно доказывалось прямыми и косвенными методами.

Уже в 1932г Э. Бюннинг описал гибрид фасоли, отличающийся по длине периода циркадианного ритма.

Особенно интенсивно велись исследования на дрозофиле. Были найдены несколько генов, связанных с циркадианным ритмом, наиболее интересным из которых представляется так называемый период-ген,

который был выделен и клонирован. Последовательности, подобные период-гену дрозофилы, найдены в генетическом материале, кур, мышей и человека, а также растений. О врожденном характере циркадианных ритмов свидетельствуют также опыты, в которых животные развивались в постоянных условиях, то есть при отсутствии внешних датчиков времени наиболее убедительны результаты, полученные на птицах. На 19-й день инкубации в генатоцитах куриного эмбриона показано становление суточного ритма содержания гликогена, тканевого дыхания, некоторых цитометрических и кариометрических показателей. У ящериц, проходивших эмбриональное и постэмбриональное развитие в условиях исключения датчиков времени, появлялся циркадианный ритм двигательной активности.

Сроки появления суточных ритмов отличаются в зависимости от вида животных и от изучаемой функции. Становление циркадианных биоритмов в онтогенезе, вероятно, прежде всего связанно с содержанием морфофункциональной организации соответствующей системы органа. Так, у 19-дневных куриных эмбрионов некоторые показатели печени (например, гликоген, РНК) проявляют суточные колебания, тогда как ритмы этих же параметров у мышей и крыс возникают к 3-недельному постнатальному возрасту. Это, в частности, можно объяснить разной степенью зрелости организмов сразу после рождения: если вылупившийся из яйца цыпленок готов к самостоятельной жизни, то мышонок или крысенок — беспомощные, слепые существа, неспособные после появления на свет к самостоятельной жизни без матери. Если сравнивать разные функции, то становление суточных ритмов, очевидно, зависит от созревания соответствующего органа. На это указывают и многочисленные данные на людях.

Это, однако, не значит, что эндогенные периодичности могут ускорить или замедлить становление циркадианного ритма.