Большинство цветовых проблем зрения связаны с генами, которые регулируют выработку пигментов в конусных колбочках, воспринимающие цвет. Гены конусных колбочек, отвечающих за восприятие красных и зеленых цветов, находятся в X хромосомах. Женщины имеют две X хромосомы. У мужчин есть только одна X хромосома и хромосома Y, и они унаследуют свои X хромосомы от матери.

У мужчины будет цветовая проблема зрения в красно-зеленом диапазоне, если ущербный ген будет в его единственной X хромосоме. У женщины может быть ущербный ген в одной из двух X хромосом, который может вызвать цветовые проблемы со зрением, и это случается намного реже, чем у мужчин.

У женщины, которая наделена геном этого типа цветовой проблемы зрения, есть 50%-ный шанс передачи этого гена ее сыновьям (потому что они унаследуют одну из двух X хромосом). У ее дочерей может возникнуть такого рода проблема, если они унаследуют ущербный ген на X хромосомах и от матери и от отца. Это гораздо менее вероятный случай. Вот почему цветовая проблема зрения может наблюдаться через несколько поколений в семьях, у которых есть генетическая предрасположенность к цветовым проблем со зрением.

Гены, отвечающие за пигмент конусов сетчатки и отвечающие за видение синих цветов, не находятся в X хромосомах, а находятся на несексуальной хромосоме, которую имеют и мужчины и женщины. Это означает, что цветовые проблемы зрения, связанные с синим цветом, встречаются одинаково часто как у мужчин, так и у женщин. Однако, эти типы цветовых проблем зрения относительно редки.