Генитальные бородавки, как указывает их название, обычно возникают на наружной или внутренней поверхности половых органов, но иногда обнаруживаются, например, в ротовой полости, на веках, на сосках и вокруг анального отверстия. (Генитальные бородавки, или остроконечные кондиломы - отнюдь не то же самое, что обычные бородавки, встречающиеся практически на любых участках кожи.)

У мужчин генитальные бородавки могут возникать на любой части полового члена. Они бывают расположены у самого отверстия мочеиспускательного канала (где они обычно ярко-красного цвета), на уздечке крайней плоти, на головке члена или на венечной борозде, внутренней поверхности крайней плоти, а также на теле подового члена. По внешнему виду бородавки варьируют от малюсеньких одиночных точечных выростов до крупных образований неправильной формы с неровной поверхностью, возвышающихся на 1-1,5 см над поверхностью полового члена.

У женщин генитальные бородавки образуются обычно на половых губах, у входа во влагалище или во внутренней его трети и на шейке матки. Иногда они имеют вид относительно изолированных серовато-розовых кусочков ткани, но могут и образовывать огромные скопления, буквально по крывающие наружные половые органы. (Известны случаи, когда они разрастались до такой степени, что заполняли родовой канал, заставляя прибегать к кесареву сечению.) Так же, как и у мужчин, генитальные бородавки у женщин могут расти прямо у отверстия мочеиспускательного канала. Для большинства людей генитальные бородавки неприятны прежде всего эстетически, однако если они сильно разрастаются, то возникает и механический дискомфорт (особенно во время полового акта). Кроме того, крупные генитальные бородавки чаще подвергаются вторичной инфекции или изъязвлению (обычно в результате трения о белье). Изредка они начинают кровоточить, особенно если достигают больших размеров.