Пребывание Пирогова в Московском уни­верситете совпало с временем большого идей­ного подъёма двадцатых годов, пропагандой тайных обществ декабристов. Большое влияние на молодёжь имели также свободолюбивые идеи гениальных русских писателей: Пушкина, Грибоедова и других. Вопреки стараниям реак­ционного правительства, политические, и соци­альные идеи проникали в среду мелкого чиновничества и в студенческие круги. В московском медицинском студенческом общежитии, где постоянно бывал Пирогов. Открыто говорили о деспотизме, о взяточни­честве чиновников, о казнокрадстве, о грани­чащей с кощунством разнузданности духовен­ства, о вытекающих из несправедливостей существующего государственного и общест­венного строя бедствиях трудового народа.

Вскоре после поступления Николая Ивановича в университет внезапно умер его отец. Через месяц семью Пироговых выгнали из их дома. Мать и сестры принялись за мелкие работы: надо было самим прокормиться и сту­дента своего содержать. Перебивались с хлеба на квас, однако не позволяли мальчику давать уроки — пусть управляется со своим учением;

В тяжёлой материальной обстановке прошли все остальные годы учения Пирогова в Московском университете. Приходилось думать о практической деятельности, о службе после получения врачебного диплома; чтобы самому прокормиться и матера с сестрами помочь.