Могут быть врожденными и приобретенными.

Кисты вилочковой железы могут быть однокамерными и многокамерными. Многокамерные имеют волнистые или бугристые очертания. Однокамерные кисты отличаются гладкими очертаниями, что делает их похожими на дермоидные кисты. Диф.диагностика основывается на обызвествлении стенок последних. В отсутствии этого признака важную роль играет симптом, описанный Кузнецовым И.Д. (1960) и заключающийся в изменении конфигурации тонкостенных кист вилочковой железы в условиях пневмомедиастинума.