Со своей стороны министр считал, что Николай Иванович может оказывать молодым людям содействие рекомендацией каждому из них тех профессоров, слушание которых было бы для них наиболее полезно, сближением их с такими профессорами и своими личными советами. Кандидаты обязаны периодически доставлять руководителю отчёты о своих заня­тиях, а Пирогову надлежит пересылать их со своими заключениями в министерство.

Выбор профессорских кандидатов был в об­щем удачный. Многие из тех молодых людей, которые готовились к профессуре под руко­водством Пирогова, заняли впоследствии выдающееся положение в науке.

Головнин требовал от профессорских канди­датов ежемесячных отчётов, присылаемых непосредственно в министерство. Этим, оче­видно, министр хотел контролировать деятель­ность Пирогова, опасаясь его вредного влия­ния на будущих профессоров. Но это не отразилось на взаимоотношениях будущих профессоров и их руководителя. В своих вос­поминаниях и рассказах о начале шестидеся­тых годов кандидаты единодушно говорят о пользе, которую принесло им посредничество Пирогова между ними и зарубежными профес­сорами. Для последних рекомендация русского учёного имела исключительное значение.

Своим главным местопребыванием Пирогов избрал Гейдельберг. Там были самые выдаю­щиеся в то время учёные по специальностям, избранным большинством наших канди­датов.

Головнин удовлетворял просьбы Пирогова о назначении стипендий тем молодым людям, которые самостоятельно поехали за границу для научных занятий и нуждались в матери­альной помощи. В их числе был И. И. Мечни­ков, рассказывающий об этом в своих воспо­минаниях.

Как всегда, Николай Иванович относился к взятым на себя обязанностям не по-чинов­ничьему, не формально. Он не ждал, пока занимавшиеся в 25 зарубежных университетах кандидаты обратятся к нему с просьбами или пришлют свои отчёты. Он выезжал из Гейдель­берга в Швейцарию, в Италию, во Францию, в Англию, где находились будущие русские профессора, переписывался с учёными разных стран по поводу занятий наших стипендиатов, облегчал молодым людям доступ в лаборато­рии и т. п.

Уже спустя два месяца по приезде за гра­ницу Николай Иванович послал министру обстоятельный отчёт о занятиях профессорских кандидатов с подробной характеристикой каждого из них, а также профессоров, у кото­рых они занимались.

Профессорские кандидаты в письмах к род­ным и друзьям с восторгом отзывались о своём руководителе. «Часто собираемся У Пирогова,— писал известный впоследствии педагог Л. Н. Модзалевский.— Я еще не видывал человека столь человечного: так он прост и вместе глубок. Удивительнее всего, как человек таких лет и чинов мог сохра­ниться во всей чистоте, и притом у нас на Руси, пережившей целое Николаевское цар­ствование».

Кандидаты пользовались также врачебной помощью своего научного руководителя.

За границей Пирогов написал несколько больших статей по университетскому вопросу, об устройстве средней школы — общей и спе­циальной, о воскресных школах и т. п., в том числе знаменитые «Письма из Гейдельберга». Эти четыре очерка представляют собой ценный вклад в педагогическую литературу. И теперь ещё, по заявлению такого авторитетного спе­циалиста, как академик Н. Н. Бурденко, можно найти в «Гейдельбергских письмах» Пирогова руководящие указания для правиль­ной постановки дела в высшей медицинской школе.